Wie erwartet hat Oreca auch das Qualifying zu den zweiten 1000 km der Algarve dominiert. Nicolas Lapierre erzielte mit einer 1:30,681 die schnellste Rundenzeit. Damit war er 0,4s schneller als seine eigene Polezeit die er 2009 mit dem Oreca O01 erzielt hatte. 0,25s dahunter kam der Rebellion-Lola von Neel Jarni zu stehen der wie auch die 3 anderen Benziner von den nach Le mans um 4% vergrösserten Restriktoren für die Benziner profitierte. Franck Mailleux im Signature Aston Martin wurde von Jarni nur um 0,03s geschlagen. Jarnis Teamkollege Andrea Bellichi komplettierte die 2. Startreihe für Portimao. Damit belegen die 4 anwesenden LMP1-Teams wie erwartet die beiden vorderen Startreihen.

 Thommy Erdos im zweiten HPD-befeuerten Auto im Feld gelang mit weiteren 0,65s Rückstand immerhin noch der Sprung in die vierte Startreihe, die er sich mit dem Oak-Racing Pescarolo von Lahaye/Nicolet teilen wird.Schnellster FLM wurde mit Startplatz 11 der Applewood Seven Wagen von Toulemonde/Beche.

Die LMP2 boten sich in der von einer roten Flagge unterbrochenen Qualisitzung einen kurzweiligen Kampf um die Spitzenposition, die zwischen den Teams von RML, Quifel ASM und Strakka Racing ausgefochten wurde. Den spitzeren Degen hatte dabei wieder einmal das britische HPD-Team, das dank Danny Watts mit einer 1:33,489die Oberhand behielt.Oliver Pla musste sich im portugiesischen Zytek um 0,607s geschlagen geben.

Während in der GT1 der Atlas FX-Saleen von Carlo van Dam zum ersten Mal an diesem Wochenende überraschend die Oberhand über den Larbre Saleen behielt. (Startplätze 19 bzw.24) war die GT2-Qualifikation eine klare Ferrari-Angelegenheit, die Gianmaria Bruni im AF-Corse Auto für sich entschied.  Teamkollege Toni Vilander und Tim Mullen im schnellsten CRS-Ferrari folgten auf den Plätzen ehe Martin Ragginger im schnellsten Proton-Wagen mit der #88 den schnellsten Porsche auf P22 abstellen konnte.