Peugeot setzte im dritten freien Training noch mal einen drauf und knackte nicht nur die 1:33er-Marke, sondern nahm auch die 1:32-Hürde. Nicolas Minassian knallte noch nach Ablauf der Zeit eine 1:31.606 in den Asphalt und unterbot die Bestzeit vom Freitag um knapp zwei Sekunden. Audi belegte wieder die Plätze drei und vier.

Wie am Freitag reihte sich Audi wieder hinter den Löwen ein. Zwischenzeitlich fand man die R10 aber auch unter den ersten zwei. Zu Beginn der Session belegte Capello mit Zeiten im Bereich von 1:35 den ersten Rang, danach stand das Fahrzeug mit der Startnummer eins die erste Hälfte des Trainings hauptsächlich in der Garage. Derweil fuhren die Peugeots an der Spitze Zeiten im hohen 1:33er- bzw. niedrigen 1:34-Bereich. Zuvor hatte Stefan Mücke im Aston Martin mit einer 1:35.007 Führungsluft geschnuppert.

Kurz vor Ablauf der Zeit wurden die Ingolstädter noch mal warm und Rinaldo Capello umrundete den Kurs in 1:33.407, doch der Konter von Nicolas Minassian folgte sofort – in Form einer 1:32.290. Der Italiener unterbot seine Zeit zwar erneut um vier Zehntelsekunden, kam aber nicht mehr an den Peugeot ran. Dafür gab Pedro Lamy im #8 Peugeot mächtig Gas und verdrängt mit einer Rundenzeit von 1:32.555 den #1 Audi von Platz zwei. Das Training schien beendet, als nach Ablauf der Zeit Nicolas Minassian noch ein letztes Mal über die Start- und Ziellinie schoss und die 1:32-Marke knackte, indem er eine 1:31.106 fuhr.

In der LMP2-Kategorie gelang es Casper Elgaard im Essex-Porsche eigentlich die niederländische Truppe von Van Merksteijn Motorsport zu unterbieten, doch die Zeit des dänischen Teams wurde nicht gewertet, da Elgaard eine Abkürzung in einer der Schikanen nahm.  Somit war die 1:37.522 von VM Motorsport die beste LMP2-Runde. Überraschender Dritter wurde der #32 Barazi-Zytek, pilotiert von Michael Vergers, der sich eine 1:37.968 notieren ließ.

Noch nicht zufrieden mit dem Handling ihres Wagens zeigen sich auch Jens Petersen und Jan Dirk Lüders.  Nach dem 1 freien Training am Vortag hat man  die  Aerodynamik des Bruichladdich-Radicals durch Abbau der Front-Zusatzflügel geändert, allerdings mit dem Ergebnis das nun in den mittelschnellen Lesmo-Kurven die Haftung ganz neben der Spur lag. Ein zusätzlicher Kraftverlust beim Motor war auch nicht gerade hilfreich um weiter am fehlenden Grip zu arbeiten. Statt dessen musste das Team den Motor austauschen und noch mal von vorne mit dem Freitagsvormittagssetup beginnen. mit Rang 11 bei den LMP2 ist man danach alles andere als zufrieden.

Bei den vier in Monza startenden GT1-Fahrzeugen tat sich während der komplette Session nicht viel. Team Modena hatte von Anfang an die Bestzeit, die Antonio Garcia setzte, inne. Am Ende hatte das Aston-Martin-Team eine 1:44.728 auf dem Papier stehen. Auf den Plätzen zwei und drei folgten die beiden Luc-Alphand-Corvettes (#72: 1:45.583/#73: 1:49.931). Alle Rundenzeiten des #55 IPB Spartak Racing Lamborghinis, welche vor 11:03 Uhr erzielt worden sind, wurden gestrichen, da Roman Rusinov eine Schikane abkürzte. Deshalb war das deutsch-russische Team mit einer 2:05.029 nur auf dem letzten GT1-Platz zu finden. Hier war man mit einem Sicherheitssetup mit mittlerer Abtriebskonfiguration unterwegs, während man für das Qualifying auf mehr Topspeed und harte Reifen setzt. 

Position eins der GT2-Kategorie ging dieses Wochenende zum ersten Mal nicht an Team Felbermayer-Proton, sondern an das britische Team Virgo Motorsport. Anfangs fuhr Marc Lieb im #77 Porsche mit Zeiten im Bereich von 1:49.306 auf der ersten Position. Gegen Ende des Trainings legte man bei Virgo Motorsport noch mal nach und Rob Bell und Gianmaria Bruni, die sich am Steuer des #96 Ferraris abwechselten, beanspruchten mit 1:48er-Zeiten die GT2-Bestzeit für sich – 1:48.996 war am Ende die Bestleistung. Auf den Rängen zwei und drei sortierten sich die Porsche 997 GT3-RSR (#77/#76) von Felbermayr-Proton und IMSA Performance Matmut ein (1:49.306/1.50.270).